如何才能战而胜之，如何才能取长补短，自然要靠更为先进更为完善的制度。所以，陈越对参谋司寄予厚望。

敌情司故名思义，自然是负责探查敌情。在战场上，能准确的探得敌方的情报做到知己知彼极为重要，关系到军队能否取得胜利。当然，在每一支军队中都有夜不收这样的编制，负责的就是探查敌情。

而都督府的敌情司职能超越了一场战斗探查敌情这么低级的任务，而是要在战斗未发生前，就要往敌方派出敌情人员，打探敌方的一切情报，兵力、布防、将领名字爱好等等，必要时还要担负着收买暗杀这样的任务，同时要防范敌方人员渗透。

按照陈越的了解，满清就经常采用收买明军将领、劝降这样的手段，不得不防。所以敌情司还有一个不能说的职责，就是监控己方重要将领！防止己方人员被敌方收买，甚至叛变。

在以前，是锦衣卫负责这样的职责，可是如今，锦衣卫只是初建，根本担负不起这样的重任。虽然现在的锦衣卫指挥使是陈江河，可毕竟锦衣卫是皇帝的亲军，名义上并不归陈越指挥。也许有一日，崇祯就会把锦衣卫交给他人，陈越不能把平南军的前途寄予不受控制的锦衣卫的身上。

镇抚司，自然是负责军纪，镇压军中贪腐之军官，负责军中秩序，战时负责督战，战斗中记录将士的战功。在明军中就有镇抚这样的职位，按照余枫林的筹划，在都督府有镇抚司，各营中也设有镇抚官，而各营的镇抚官受镇抚司直领，对镇抚官的工作，各营主将无权过问，更无权任命镇抚。

军械司负责军中所有武器军械之补充。新成立一支军队，不是招募几万士兵就可，要给他们配备铠甲武器。新成立的军队士兵个人战斗力不如敌军，经验不如敌军，各方面比八旗兵这样的军队都相去甚远，如何能守住江淮，只有在装备上下功夫。

虽然说士兵的装备要由朝廷负责兵部补充，可以兵部的效率、兵部官员的贪腐程度，陈越根本就不敢指望兵部提供的武器铠甲。要负责武器的打造、修缮、保养，下面会设弓弩司、火铳司、火炮司、甲衣司等各个分司，计划征调南京各地有名的工匠填充军械司，在扬州直接开始工坊打造各种兵器。当然在平南军中，原来就设有将作营，也有几十位工匠，能制作一些军械，不过靠他们为数万大军提供军备，则远远不够。

一支庞大的军队事务极其繁杂，要想让士兵们安心训练打仗，自然要做好一切后勤工作，粮食蔬菜的补给，膳食的制作，营房的搭建，辎重的管理等等。当然，在每个营中，都会有一定数量的辎重兵，专门负责这些工作，不过各营物质的调配，则由后勤司负总责。